El fichero de configuración de RDP (una vez salvado) se puede editar con un fichero de texto, en este fichero si hemos puesto la opción de usar todos los monitores para la sesión remota nos aparecerá una línea que pone:
use multimon:i:1
para seleccionar los monitores en concreto que queremos utilizar debemos añadir la línea:
selectedmonitors:s:1,2
donde 1 y 2 son los identificadores de los monitores, estos identificadores pueden obtenerse ejecutando
mstsc /l
Fuentes: